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崔杰

博士,研究员,中科院"百人计划",课题组长

2011-2016年在宾夕法尼亚州立大学、悉尼大学、新加坡国立大学从事病毒生物信息学博士后研究工作。2016年2月入选中国科学院"百人计划",现任中国科学院武汉病毒研究所病毒生物信息学学科组组长。目前承担的项目包括中国科学院"百人计划"、国家重点研发计划、国家自然基金面上项目等。

研究方向:

主要以新发传染性病毒(Emerging infectious viruses)及内源性逆转录病毒(Endogenous retrovirus,ERV)为研究对象进行病毒发生演化模型构建,及开发生物信息学新手段研究病原大数据。

工作经历:

  • 2016.02-至今中国科学院武汉病毒研究所,研究员,"百人计划",课题组长;
  • 2014.02-2016.02 杜克大学-新加坡国立大学医学院(Duke-National University of Singapore Medical School),博士后;
  • 2012.10-2013.10  澳大利亚悉尼大学(The University of Sydeny),博士后;
  • 2011.08-2012.09 美国宾夕法尼亚州立大学(The Pennsylvania State University) ,博士后。
代表性论文:
  1. Liu J, Xu J, Liu L, Wei X, Song Y, Fang B, Yu X, Li X, Ye G, Du Y, Chen M, Shi W, Liu D, Holmes EC, Cui J. (2018) Sudden emergence of human infections with H7N9 avian influenza A virus in Hubei province, central China. Sci Rep 8:2486.
  2. Wei X, Chen M, Cui J. (2017) Bayesian evolutionary analysis for emerging infectious disease: an exemplified application for H7N9 avian influenza viruses. Sci China Life Sci 60:1392-1395.
  3. Hu B, Zeng LP, Yang XL, Ge XY, Zhang W, Li B, Xie JZ, Shen XR, Zhang YZ, Wang N, Luo DS, Zheng XS, Wang MN, Daszak P, Wang LF, Cui J, Shi ZL. (2017) Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLoS Pathog 13:e1006698.
  4. Wen L, Qiu Y, Cheng S, Jiang X, Ma YP, Fang W, Wang W, Cui J, Ruan Q, Zhao F, Hu F, Luo MH. (2018) Serologic and viral genome prevalence of HSV, EBV, and HCMV among healthy adults in Wuhan, China. J Med Virol 90:571-581.
  5. Qi W, Jia W, Liu D, Li J, Bi Y, Xie S, Li B, Hu T, Du Y, Xing L, Zhang J, Zhang F, Wei X, Eden JS, Li H, Tian H, Li W, Su G, Lao G, Xu C, Xu B, Liu W, Zhang G, Ren T, Holmes EC, Cui J, Shi W, Gao GF, Liao M. (2017) Emergence and adaptation of a novel highly pathogenic H7N9 influenza virus in birds and humans from a 2013-human-infecting low pathogenic ancestor. J Virol 92:e00921-17.
  6. Wang H, Zhao Y, Chen M, Cui J. (2017) Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer. Front Microbiol 8:1720.
  7. Su S, Gu M, Liu D, Cui J, Gao GF, Zhou J, Liu X. (2017) Epidemiology, Evolution, and Pathogenesis of H7N9 Influenza Viruses in Five Epidemic Waves since 2013 in China. Trends Microbiol 25:713-728.
  8. Uehara A, Tissera HA, Bodinayake CK, Amarasinghe A, Nagahawatte A, Tillekeratne LG, Cui J, Reller ME, Palihawadana P, Gunasena S, Desilva AD, Wilder-Smith A, Gubler DJ, Woods CW, Sessions OM. (2017) Analysis of Dengue Serotype 4 in Sri Lanka during the 2012-2013 Dengue Epidemic. Am J Trop Med Hyg 97:130-136.
  9. Du Y, Chen M, Yang J, Jia Y, Han S, Holmes EC, Cui J. (2017) Molecular Evolution and Emergence of H5N6 Avian Influenza Virus in Central China.J Virol pii: JVI.00143-17.
  10. Pu J, Sun H, Qu Y, Wang C, Gao W, Zhu J, Sun Y, Bi Y, Huang Y, Chang KC, Cui J, Liu J. (2017) M gene reassortment in H9N2 influenza virus promotes early infection and replication: contribution to rising virus prevalence in chickens in China. J Virol 91: e02055-16. 
  11. Li X, Yang J, Liu B, Jia Y, Guo J, Gao X, Weng S, Yang M, Wang L, Wang LF, Cui J, Chen H, Zhu Q. (2016) Co-circulation of H5N6, H3N2, H3N8, and Emergence of Novel Reassortant H3N6 in a Local Community in Hunan Province in China. Sci Rep 6:25549.
  12. Cui J, Wang LF. (2015) Genomic Mining Reveals Deep Evolutionary Relationships between Bornaviruses and Bats. Viruses 7:5792-5800.
  13. Cui J, Tachedjian G, Wang LF. (2015) Bats and Rodents Shape Mammalian Retroviral Phylogeny. Sci Rep 5:16561.
  14. Cui J, Zhao W, Huang Z, Jarvis ED, Gilbert M, Walker PJ, Holmes EC, Zhang G. (2014) Low frequency of paleoviral infiltration across the avian phylogeny. Genome Biol 15:539.
  15. Cui J, Schlub TE, Holmes EC. (2014) An allometric relationship between the genome length and virion volume of viruses. J Virol 88:6403-6410.
  16. Zhang G, Li C, Li Q, Li B, Larkin DM, Lee C, Storz JF, Antunes A, Greenwold MJ, Meredith RW, Ödeen A, Cui J, et al. (2014) Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation. Science 346:1311-1320.
  17. Hayward JA, Tachedjian M, Cui J, Field H, Holmes EC, Wang LF, Tachedjian G. (2013) Identification of diverse full-length endogenous betaretroviruses in megabats and microbats. Retrovirology 10:35.
  18. Nielsen ACY, Gyhrs ML, Holmes EC, Cui J. (2012) Co-circulation and persistence of genetically distinct Saffold viruses, Denmark. Emerg Infect Dis 18:1694-1696.
  19. Cui J, Holmes EC. (2012) Endogenous lentiviruses in the ferret genome. J Virol 86:3383-3385.
  20. Cui J, Tachedjian M, Wang L, Tachedjian G, Wang LF, Zhang S. (2012) Discovery of retroviral homologs in bats: implications for the origin of mammalian gammaretroviruses. J Virol 86:4288-4293.

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联系人:崔杰

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邮箱:jiecui@wh.iov.cn

地址:武汉市武昌区小洪山中区44号

邮编:43007

研究方向 研究方向

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      主要以新发传染性病毒(Emerging infectious viruses)和内源性逆转录病毒(Endogenous retrovirus,ERV)为研究对象进行病毒发生演化模型的构建,以及一些古病毒(Paleovirology)的研究。 在大数据背景下,依托生物信息学平台,开发生物信息学新手段研究病原大数据。

       1. 新发传染性病毒遗传多样性、跨物种传播以及病毒宿主相互作用模型研究,重点关注禽流感病毒(Avian influenza virus)、冠状病毒(Coronavirus)和亨德拉病毒(Hendra virus)。

  

     2.  研究内源性逆转录病毒(ERV)的宿主限制性以及大时间尺度 ERV 的演化模型。

     3. 以大数据的快速、高效和智能化分析为目标,开发新的生物信息学计算模型和算法,用于病原的快速反应和临机决策。

生物信息学简介 生物信息学简介

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生物信息学(Bioinformatics)

研究生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学,计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。

本学科组相关生信

随着新一代测序技术、蛋白质谱技术等高通量技术的快速发展,生命科学领域进入了"后基因组时代",以海量多元组学数据为特征的大数据时代。组学大数据在研究基因功能、疾病机制、精准医疗等方面具有重要意义。

本学科组以测序得到的新发病毒、人内源性逆转录病毒(HERV)或其宿主基因组或转录组序列为主要对象,研究病毒进化的模式,包括病毒起源时间、系统发育关系、传播模式以及基因组特征等。

                                      

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                            系统发育分析                贝叶斯进化分析法                  计算分子进化

                      Linux编程                      perl语言                      Python语言                      R语言

 

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